Năm 1990, thực hiện Quyết định của Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải, trường được chuyển từ Đồng Tháp về Thành phố Hồ Chí Minh – 6/8 Trần Xuân Soạn, huyện Nhà Bè.
Năm 1997, trường được Bộ Giao thông Vận tải đầu tư dự án xây dựng trường Kỹ thuật - Nghiệp vụ Hàng giang II tại 33 Khu phố 3, Phường Phú Mỹ, Quận 7, Thành phố Hồ Chí Minh. Và từ tháng 10 – 2002 địa chỉ trên trở thành trụ sở chính của trường.
Trong quá trình xây dựng và phát triển, trường Cao đẳng nghề Giao thông Vận tải Đường thủy II lần lượt đã đổi qua các tên :
- Năm 1976, trường Công nhân Kỹ thuật Đường sông.
- Năm 1983, trường Công nhân Lái, Máy tàu sông.
- Năm 1985, trường Công nhân Kỹ thuật Đường sông II.
- Năm 1988, Trung tâm Đào tại Lái, Máy tàu sông II.
- Năm 1993, trường Kỹ thuật Nghiệp vụ Hàng giang II.
- Tháng 06 – 2004, trường Trung học Hàng giang Trung ương II.
- Tháng 10 - 2008: trường Cao đẳng nghề Giao thông Vận tải Đường thủy II.
Qua hơn 30 năm xây dựng và trưởng thành, trường đã đào tạo hơn 25.000 học sinh tốt nghiệp ra trường và có thể chia làm 03 giai đoạn:
- Giai đoạn 1: Từ năm 1976 – Tháng 09/2004: Đây là giai đoạn trường đào tạo công nhân kỹ thuật chuyên ngành đường thủy, bao gồm các nghề:
- Thuyền trưởng tàu sông từ hạng III đến hạng I
- Máy trưởng tàu sông từ hạng III đến hạng I
- Thủy thủ
- Thợ Máy
- Thợ đóng và sửa chữa tàu
- Nghiệp vụ quản lí giao thông đường thủy
- Giai đoạn 2: Từ 09/2004 đến nay: Trường tiếp tục đào tạo công nhân kỹ thuật các ngành và đào tạo bậc trung cấp chuyên nghiệp các ngành học:
- Điều khiển tàu thủy
- Sửa chữa và vận hành máy tàu thủy
- Xây dựng công trình thủy (cảng - đường thủy)
- Xây dựng cầu đường
- Kinh tế vận tải
- Kế toán doanh nghiệp
- Công nghệ thông tin
- Điện công nghiệp
- Xây dựng dân dụng và công nghiệp
Giai đoạn 3: Từ 10/2008 đến nay: Trường tiếp tục đào tạo bậc trung cấp chuyên nghiệp các ngành và bổ sung thêm đào tạo hệ Cao đẳng nghề gồm các ngành học:
- Điều khiển phương tiện thuỷ nội địa
- Quản trị mạng máy tính (CNTT)
- Máy tàu thuỷ
- Kế toán doanh nghiệp
- Điện công nghiệp
- Xây dựng cầu đường
- Điều khiển tàu biển
- Điện tử công nghiệp
- Quản trị cơ sở dữ liệu (CNTT)
Do có thành tích trong sự nghiệp giáo dục và đào tạo, trường đã được công nhận nhiều năm là trường tiên tiến, xuất sắc, được tặng nhiều bằng khen của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Giao thông Vận tải và Ủy ban Nhân dân các tỉnh. Một giáo viên được công nhận là Nhà giáo ưu tú.
Hiện nay trường đang thực hiện các dự án:
- Dự án 1: Mở rộng qui mô đào tạo với lưu lượng 3.500 học sinh – sinh viên.
- Dự án 2: Thành lập trung tâm đào tạo nghiệp vụ Đường sông cho 5 nước Việt Nam – Lào – Campuchia – Myanma và Thái Lan (Theo dự án của tổ chức ACMECS).
- Dự án 3: Thành lập Công ty liên doanh : "Trung tâm đào tạo và phát triển Việt – Hàn” giữa trường Cao đẳng nghề Giao thông Vận tải Đường thủy II và tập đoàn YONG HO Construction của Hàn Quốc để đào tạo công nhân bậc cao và xuất khẩu lao động sang Hàn Quốc và các nước.
